Ministerstvo konstatovalo, že jde o očkování dobrovolné, proto nelze odhadnout, kolik lidí o toto očkování projeví zájem. Díky tomu není vyjasněno, kdo bude hradit provoz vakcinačních center. Z logiky věci by jej mělo hradit ministerstvo zdravotnictví, které však tuto činnost platit odmítá.
Platby ze zdravotního pojištění činnost neuhradí, a to ani v případě, že by zájem o očkování byl velký, přitom se ukazuje, že zájem je naopak minimální. Z toho vyplývá, že i platby pojišťovny budou minimální a pokryjí pouze zlomek nákladů vakcinačních center.
Hejtman Středočeského kraje MUDr. David Rath se proto dopisem obrátí na předsedu vlády, aby se do situace vložil a zajistil finanční zdroje pro chod vakcinačních center. Bez finančního krytí provozu je ohrožen chod vakcinačních center a vlastní nákup vakcín pak znamená zbytečně vyhozené prostředky ze státního rozpočtu.
Zároveň také vyvstává otázka, zdali v současné době, kdy narůstá počet respiračních onemocnění různého druhu má očkování ještě vůbec smysl, jelikož pacient přicházející k očkování může být v bezpříznakovém období onemocnění (tzv. „inkubační době“), ve kterém je očkování zakázáno.