První stopy slovanského obyvatelstva v okolí Levého Hradce pocházejí ze 6. století našeho letopočtu, ale na plošině samotné se Slované usadili prokazatelně až na přelomu 8. a 9. století. Opevněné hradiště, které zde postavili, se o něco později stalo dočasným centrem vznikajícího českého státu. Dvě části plošiny byly samostatně opevněny a celková délka hradeb dosahovala 1,5km. Menší část o rozloze 2,8ha sloužila jako předhradí. Její mohutné hradby měly roštovou, později komorovou konstrukci a při šířce 10m dosahovaly výšky až 6m. Po celé délce (720m) je doplňoval 17m široký a 6m hluboký příkop. Jediná brána, jejíž vchod byl chráněn mohutnou baštou, byla situována na západní straně. Dnes je část plochy předhradí součástí obce Žalov a je zastavěna rodinnými domy. Akropole, která má rozlohu 3,6ha, byla obehnána valem s roštovou konstrukcí, jehož čelní stěnu chránila zeď z břidlice a opuky. Hradba dosahovala výšky 6m a byla zakončena dřevěnou nástavbou. I zde, stejně jako v případě hradby v předhradí, byly objeveny důkazy o obnovení a zdokonalení hradby po zničení ve druhé polovině 9. století. Na akropoli se vcházelo jedinou branou na jižní straně. Stávala v místech, kde dnes ústí Levohradská ulice.
Levý Hradec je spojen se jménem Přemyslovců, jediné původní české panovnické dynastie. Byl jejich sídlem a centrem jejich doményaž do konce 9. století. První historicky doložený Přemyslovec Bořivoj I. nechal podle tradice v první polovině 80. let 9. století na Levém Hradci postavit kostel sv. Klimenta, který je považován za první křesťanský kostel v Čechách. Zbytky zdiva této první na maltu zděné stavby u nás byly objeveny roku 1939 pod podlahou současného kostela, ale poslední průzkumy naznačují, že zdivo je patrně o něco mladší, snad až z 10. století. Podle nich bylo zjištěno, že se jednalo o rotundu s vnitřním průměrem téměř 5m zakončenou apsidou. Koncem 13. století byl přistavěn raně gotický presbytář a k dalším úpravám došlo v 16. století. V roce 1656 byla přistavěna zvonice. Do roku 1684, kdy byla postavena barokní obdélníková loď, byly zbourány zbylé části románské rotundy. Ve stejné době byl ohrazen hřbitov, na němž se pohřbívalo až do 18. století. Nejstarší pohřby objevené v okolí kostela ale pocházejí už z 11. – 12. století. Poslední velká stavební úprava kostela sv. Klimenta proběhla v roce 1922, kdy byla postavena sakristie.
I poté, co Přemyslovci na konci 9. století přenesli své sídlo na dnešní Pražský hrad, zůstal Levý Hradec jedním z klíčových hradišť raně středověkého českého státu. Svědčí o tom i fakt, že právě zde byl roku 982 zvolen Vojtěch Slavníkovec druhým pražským biskupem. Postupně však význam Levého Hradce upadal. Snad i díky tomu, že ještě v 10. století bylo zničeno osídlení předhradí, akropole samotná pak byla zpustošena zřejmě roku 1041 při vpádu císaře Jindřicha III. do Čech. Jako opěrný bod rozpínajícího se přemyslovského státu ztrácel opodstatnění, ale zůstal správním centrem regionu na sever od Prahy. Jako sídlo královského lovčího je doložen ještě roku 1233, kdy jej král Přemysl Otakar II. převedl do majetku kláštera sv. Jiří.
Oživení zájmu o Levý Hradec přineslo až v souvislosti s národním obrozením 19. století, kdy se jako symbol počátků českého křesťanství i státu dostal do centra pozornosti badatelů. První archeologické výkopy na území někdejšího hradiště prováděl v letech 1853-1855 Václav Krolmus, po něm následovali Čeněk Rýzner a Josef Ladislav Píč. Nejvýznamnější objevy ale přinesl až důsledný průzkum pod vedením Ivana Borkovského v letech 1939-1941 a 1947-1955, který poskytl velmi komplexní obraz celého hradiště. Doposud ovšem zůstaly některé nevyřešené otázky a prostor Levého Hradce je proto stále archeologicky sledován.
V roce 1999 bylo území slovanského hradiště Levý Hradec vyhlášeno národní kulturní památkou. Z hlediska památkové péče jde o specifickou lokalitu, jelikož část areálu NKP je zastavěna obytnými budovami. Při provádění jakýchkoli výkopových prací je narušována klíčová složka památkové hmoty dané lokality, takže je nezbytné provést záchranný archeologický výzkum a během prací zajistit archeologický dohled.
Většina akcí památkové péče se soustředí na kostel sv. Klimenta a jeho nejbližší okolí. V říjnu 2001 byl zjištěn výskyt dřevomorky domácí v sakristii kostela. Jedná se jednu z nejnebezpečnějších dřevokazných hub, jejíž aktivita není zjevná, protože rozkládá dřevo zevnitř. Může být aktivní s přestávkami mnoho let a napadat přitom i okolní zdivo, kde se šíří pod omítkou, stejně jako v násypech podlah. Proto byla zahájena okamžitá likvidace napadeného materiálu. Bylo odstraněno dřevo do vzdálenosti minimálně 50cm od ohrožené části, stejně jako stropní trámy, zásyp a prkna z podlahy.Do vzdálenosti 1m byla odstraněna omítka a výplň spár. Na závěr bylo provedeno chemické očištění prostoru a doplnění novým materiálem.
Pro lepší propagaci a prezentaci NKP Levý Hradec byla v roce 2001 vybudována naučná stezka s informačními tabulemi. Umístění tabulí i trasa stezky maximálně respektují hodnotný terén a zasahují do něj co nejméně.
Poté, co byla zaznamenána zvyšující se vlhkost zdi kostela v místech sakristie, bylo v roce 2002 provedeno odvlhčení. Hlavním důvodem vlhnutí zdiva byly betonové dešťové chodníčky po obvodu kostela. Byly neudržované a rozpraskané, takže puklinami zatékala dešťová voda k základům. Chodníčky byly proto odstraněny a prostor zasypán vrstvou štěrku. V návaznosti na tyto venkovní úpravy byla obnovena i podlaha sakristie, kde byly zdivem proraženy dva nové průduchy a vyčištěny dosavadní. Na novou konstrukci betonové odvětrávané podlahy byly položeny nové dlaždice a pro zlepšení proudění vzduchu bylo odebráno téměř 35 cm zeminy.
V roce 2004 došlo k opravě sesunuté části ohradní zdi hřbitova kostela sv. Klimenta. Tato hřbitovní zeď je v pramenech poprvé doložena 1690. Částečně byla opravena v roce 1996, ale ukázalo se, že oprava byla provedena z hlediska požadavků památkové péče nevyhovujícím způsobem. Jiná část zdi se v roce 2001 zřítila. Při sanaci zdiva, která proběhla o dva roky později, byl použit původní materiál. Aby vzhled odpovídal vzhledu původní zdi, byla koruna pokryta replikami částečně dochovaných speciálních cihel.
V prosinci 2005 byly v bezprostřední blízkosti kostela sv. Klimenta odstraněny tři vzrostlé, v minulosti zde neuváženě vysazené thuje, které ohrožovaly fasádu kostela a hrozily stržením podokapního žlabu pro odvod děšťových srážek. Toto případné poškození mohlo mít za následek promočení obvodového zdiva objektu.
V roce 2006 byla na Levém Hradci položena síť tlakové kanalizace, následně byl opraven povrch ulice Levohradecké.
V roce 2009 Město roztoky pokračovalo v opravě dalšího úseku ohradní zdi hřbitova.
V průběhu jednotlivých let na území národní kulturní památky probíhaly různé údržbové práce či úpravy obytných domů v soukromých rukou. V několika málo případech došlo k celkové přestavbě domů – zde bylo striktně požadováno, aby půdorys nového objektu nepřekročil půdorysné rozměry domu původního.